Binti Ekeopara Zuzu Dambu Kaipka di Namib è una ragazza di etnia Himba. Fugge dal villaggio in cui vive e si imbarca sulla Terzo Pesce per intraprendere il viaggio interstellare verso Oomza, sede di una prestigiosa università. Ma tutto cambia quando le Meduse, feroci creature belligeranti, attaccano il veicolo, sterminando l'equipaggio e gli altri passeggeri, tra cui gli studenti che avrebbero frequentato i corsi con lei. La giovane Binti si trova così a doversela cavare da sola, intrappolata su un'astronave piena di esseri assassini, per cinque lunghi giorni prima di raggiungere la meta. Ma chi sono le Meduse? Binti deve sopravvivere alla trasferta, proteggere gli abitanti del pianeta su cui ha sede l'ateneo e provare a usare i suoi ineguagliabili talenti per porre fine a un conflitto sanguinoso.